Сравнительный анализ степени надежности данных о молекулярном кариотипе эмбриона, получаемых методами полногеномной амплификации на основе технологии секвенирования следующего поколения (NGS) отдельных клеток трофэктодермы

18/07/2024

На портале РОАГ размещена статья «Сравнительный анализ степени надежности данных о молекулярном кариотипе эмбриона, получаемых методами полногеномной амплификации на основе технологии секвенирования следующего поколения (NGS) отдельных клеток трофэктодермы», опубликованная в № 6/2024 журнала «Акушерство и гинекология».

Глотов О.С., Сайфитдинова А.Ф., Павлова О.А., Леонтьева О.А., Полякова И.В., Масленников А.Б.
  1. ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства», Санкт-Петербург, Россия;
  2. ООО «Сербалаб», Санкт-Петербург, Россия;
  3. ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта», Санкт-Петербург, Россия;
  4. ФГБОУ ВО «Российский государственный педагогический университет им. А.И. Герцена», Санкт-Петербург, Россия;
  5. 5АО «Международный центр репродуктивной медицины», Санкт-Петербург, Россия;
  6. ООО «Бигль», Санкт-Петербург, Россия;
  7. ГБУЗ Новосибирской области «Городская клиническая больница № 1», Новосибирск, Россия
Ключевые слова: полногеномная амплификация, WGA, высокопроизводительное секвенирование, NGS, преимплантационное генетическое тестирование, ПГТ, секвенирование отдельных клеток, WGA Display, SurePlex DNA Amplification System
Авторы:
Анеуплоидии у эмбрионов человека вносят существенный вклад в этиологию неудач имплантации и ранних репродуктивных потерь в программах вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ). Наиболее распространенным методом оценки плоидности эмбриона является преимплантационное генетическое тестирование на анеуплоидии (ПГТ-А). Внедрение ПГТ-А в клиническую практику позволило значительно снизить вероятность переноса анеуплоидного эмбриона в полость матки и повысить эффективность программ ВРТ.

Существуют преимущества и недостатки различных методов ПГТ-А и способов забора материала для анализа, а также имеется ряд причин возможных ложноположительных и ложноотрицательных результатов ПГТ-А. Поскольку для исследования берется всего несколько клеток, большое значение для получения достоверных результатов анализа имеет равномерность амплификации ДНК; в связи с чем ключевым и самым важным этапом ПГТ-А является полногеномная амплификация ДНК (whole genome amplification, WGA).
В статье приведен анализ современных данных литературы, посвященной исследованию оценки эффективности и надежности методов масштабирования малых количеств ДНК; приведены результаты собственного исследования по сравнительному анализу методов полногеномной амплификации отдельных клеток трофэктодермы с целью получения надежных данных о молекулярном кариотипе эмбриона методом NGS. Показана эффективность использования отечественных наборов WGA.
Заключение:
Сравнение результатов ПГТ-А с использованием различных наборов показало применимость разработанного нами «гибридного» протокола, где могут использоваться как зарубежные наборы для полногеномной амплификации, так и отечественные. Данный подход показал высокую надежность наборов WGA с SD-полимеразой для подготовки материала к проведению ПГТ эмбрионов человека, а также может найти применение в других областях биомедицины и судебно-медицинских исследований, где востребована высокая надежность и точность амплификации предельно малых количеств ДНК.